In Dörentrup gibt es zahlreiche Gewässer. Das wohl bedeutendste ist die Bega, die nordöstlich von Blomberg im Blomberger Wald bzw. südlich von Barntrup und von Gut Oesterröden entspringt und in Bad Salzuflen südwestlich des Stadtkernes in die Werre mündet.
Sie durchfließt die Kommunen Barntrup, Dörentrup, Stadt Lemgo, Stadt Lage sowie Bad Salzuflen.
Auf Dörentruper Gebiet hat die Bega eine Lauflänge von ca. 10 km.
Die größeren Nebenarme bzw. einmündenden Bäche sind der Hillbach, der Mühlingsbach, die Maibolte, der Oelentruper Bach, die Hume / Beke und der Diebkebach.
Die Gemeinde Dörentrup engagiert sich in dem Gewässerprojekt „Wasser im Fluss“. In diesem Rahmen sind bereits zahlreiche Projekte auf dem Gemeindegebiet umgesetzt worden.